延曆年間（728～806），曼殊院起初由開山祖最澄大師創建於比叡山中，作為鎮護國家的道場。
其後，天曆年間（947～957），是算國師之時北野天滿官興建完工，出生於菅原家的是算國師被任命為初任僧官，此後至明智維新的900年間，曼殊院門主同時兼任北野天滿宮的僧官。
天仁年間，為了便於北野天滿宮的管理於北山修建了分寺。此後，遷移至京都御所內的公家町，明曆二年時，桂離宮完工，由八条宮智仁親王的第二皇子良尚法親王入寺，並移建於現在的地點，是為今日的曼殊院。
良尚法親王為後陽成天皇的外甥、後水尾天皇的堂兄弟。關於曼殊院的修建，採用了據說協助桂離宮完工的智忠親王的建議，使用當時歐洲極為流行的黃金比例概念。曼殊院的雅致的大書院與小書院、「桂離宮の新御殿」及「西本願寺の黒書院」並列具有數寄屋造書院代表性的歷史建築。
「西本願寺の黒書院」的興建者良怒法師和良尚法親王的妹妹梅宮內親王成婚。
良尚法親王是在曼殊院中這「恬靜與美」的世界中生活的雅士。
此外，由於建材取至與桂離宮使用相同工作坊，可以從書院中的釘帽、門把、拉門等觀察到和桂離宮相同的圖樣和花紋，因此曼殊院又被稱作「小桂離宮」。
過去，後水尾天皇及靈元天皇都曾造訪曼殊院，近年皇太子殿下及秋篠宮兩殿下、常陸宮兩殿下，及平成24年時天皇夫婦及兩殿下也曾造訪曼殊院，實為榮幸。

以下提供參考──數寄書造書院與書院的比較：